En el moderno laboratorio se realizan estudios microbiológicos de los protozoarios, Cryptosporidium, Giardia y otros organismos que provocan enfermedades gastrointestinales. Es el único a escala nacional que realiza este análisis. Anualmente, la Epmaps realiza más de 18 000 análisis en su Laboratorio avalado por el SAE con la certificación ISO 17025.